Wie bei der Zusammensetzung orientiert sich die Kommission auch in ihrer Arbeitsweise an den verbindlichen Kriterien und Standards für eine unabhängige Aufarbeitung von sexuellem Missbrauch in der katholischen Kirche in Deutschland, die vom Unabhängigen Beauftragten für Fragen des sexuellen Kindesmissbrauchs der Bundesregierung und der Deutschen Bischofskonferenz im April 2020 verabschiedet wurde.

In Umsetzung der Gemeinsamen Erklärung verfolgt die Kommission zwei Ziele:

Zum einen die Betroffenen und Zeitzeugen zu hören und ihnen eine Stimme zu geben, zum anderen die Akten quantitativ und qualitativ zu sichten und aufzuarbeiten. Die Arbeit der Kommission bedarf hierzu der Transparenz und der Einbeziehung der Öffentlichkeit.